（一）税收方面
1、国家对区内加工产品不征收增值税。
2、出口加工区内企业从境外进入加工区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
（1）区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资,予以免税；
（2）区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件，予以免税；
（3）区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物料及消耗性材料，予以保税；
（4）区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品，予以免税。
3、区内企业加工的制成品及其在加工生产过程中产生的边角料、余料、残次品、废品等销往境外的, 除法律、法规另有规定外，免征出口关税。
4、从出口加工区外进入加工区供区内企业使用的国产机器、设备、原材料、零部件、元器件、包装物料以及建造基础设施、加工企业和行政管理部门生产、办公用房所需合理数量的基建物资等，海关按照对出口货物的有关规定办理报关手续,并签发出口退税报关单。区外企业凭报关单出口退税联向税务部门申请办理出口退（免）税手续。
二、加工贸易管理方面
1、区内企业开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台帐制度，海关不实行《加工贸易登记手册》管理。
2、 除国家明确禁止进出口和禁止在出口加工区内进行加工贸易的项目以外，出口加工区企业均可以开展加工贸易。
3、出口加工区内企业产品在生产过程中，确有需要时，经海关批准，可将有关模具、半成品等运往区外进行加工。
4、出口加工区之间、出口加工区与保税区之间、区内企业与区外企业之间可以开展深加工结转业务。
三、进出口管理方面
1、加工区与境外之间进、出的货物，除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证件管理。
2、海关对出口加工区与境外之间进、出的货物，按照直通式或转关运输的办法进行监管。
3、海关对进、出出口加工区货物的备案、报关、查验、放行、核销手续一律在区内办理。
4、出口加工区之间、出口加工区与其他特殊监管区域之间货物的往来,应由收、发货物双方联名向转出区主管海关提出申请。经海关核准后,按照转关运输的有关规定办理。